
L'assainissement des eaux usées a pour objectif de collecter puis d'épurer les eaux usées avant de les rejeter dans le milieu naturel, afin de les débarrasser de la pollution dont elles sont chargées. On distingue trois grandes catégories d'eaux usées : les eaux domestiques, les eaux industrielles et les eaux pluviales.
Sur les aspects collecte et épuration des eaux usées, les stations d'épuration de Saint-Fons et Neuville-sur-Saône ont été rénovées. En parallèle, plus de 4 000 entreprises raccordées au réseau ont été identifiées et plus de 3 000 ont fait l'objet de conventions relatives aux quantités de rejets acceptées sur le réseau. Il en a résulté une augmentation des rendements épuratoires en matière organique de 37% en 1993 à 64% en 1998, permettant ainsi une amélioration de la qualité du Rhône aval.
Le rapport entre les eaux usées et les eaux pluviales est de l'ordre de dix : compte tenu des modes de collecte, des techniques alternatives favorisant le traitement et l'infiltration des eaux pluviales doivent être mises en œuvre. Illustration Porte des Alpes où les eaux de pluies sont recueillies et traitées avant d'être ré-infiltrées dans la nappe phréatique. Des experts étrangers viennent de tous les pays pour découvrir ce système innovant.
Une fédération de recherche a été créé, l'OTHU (Observatoire de terrain en hydrologie urbaine), pour quantifier la pollution véhiculée par les eaux de ruissellement.
Depuis plusieurs années, le Grand Lyon participe par ailleurs à l'organisation d'une conférence internationale triennale sur les technologies en assainissement pluvial : NOVATECH.